O conselheiro Vale morre de apoplexia em 25 de abril de 1859, no Andaraí, no Rio de Janeiro. Deixa o filho Estácio, de vinte e sete anos, formado em matemáticas, e a irmã, D. Úrsula, solteira, que cuida da casa. O testamento reconhece como filha natural uma menina chamada Helena, nascida de D. Ângela da Soledade e educada em um colégio de Botafogo, e pede à família que a receba com carinho. O médico Camargo, velho amigo do conselheiro, acha o gesto um excesso. D. Úrsula o reprova. Estácio o aceita.
Helena, uma moça de dezesseis a dezessete anos, vai morar no Andaraí e, em poucas semanas, conquista a família. Estácio, que já namora Eugênia, filha de Camargo, passeia a cavalo com ela e se afeiçoa. Numa dessas saídas, Helena para diante de uma casa velha, com uma bandeira azul no telhado, e faz um aceno de despedida à bandeira. Mendonça, amigo de Estácio, volta da Europa e se apaixona por ela. Estácio pede Eugênia em casamento e viaja a Cantagalo com a família dela, por causa da doença da madrinha de Eugênia. Na ausência dele, o padre Melchior estimula o namoro, e Helena aceita se casar com Mendonça.
Quando Estácio volta, estranha a decisão, mas acaba concordando. Mendonça tem um escrúpulo: teme que digam que se casa por dinheiro. Helena diz ao padre que abrirá mão da herança, se for preciso, e Mendonça acaba cedendo. Estácio, que desconfia de algo, vai à casa da bandeira azul e conhece o morador, um homem pobre, de uns trinta e poucos anos. Em casa, vê que o desenho que Helena lhe deu de presente mostra aquela mesma casa. Melchior lhe diz que ele ama a irmã.
O pajem Vicente, que acompanhava Helena nas visitas, conta tudo ao padre. Helena lhe entrega uma carta do homem, Salvador, que a chama de filha. Melchior e Estácio o procuram. Salvador conta: fugiu com Ângela do Rio Grande do Sul, sem que chegassem a se casar, e os dois viveram na miséria. Quando ele viajou para ver o pai doente, Ângela passou a viver com o conselheiro e disse que ele havia morrido. Salvador voltou, viu o conselheiro com a menina no colo e desistiu dela. Helena é filha dele. O conselheiro, sem saber, a criou como sua. Depois da morte do conselheiro, Salvador a convenceu a aceitar o reconhecimento do testamento.
Estácio entende que Helena não é sua irmã, mas Melchior o faz ver que o testamento, a lei e o escândalo não permitem desfazer o que está feito. A família resolve manter tudo como está. Salvador desaparece, deixando uma carta. Helena, envergonhada, se isola. Estácio vê então que a ama. Numa tarde de chuva no jardim, ela se recusa a entrar, já com febre, e ele a carrega para casa. Adoece e morre na noite do sétimo dia. Estácio lhe dá o primeiro beijo de amor no caixão.
