Em Leiria, no Domingo de Páscoa, morre de apoplexia o pároco da Sé, José Miguéis. Dois meses depois chega o substituto, Amaro Vieira, nomeado por influência política. Criado em Lisboa pela marquesa de Alegros, que o destinou à Igreja, passou os últimos anos numa paróquia da serra. O cónego Dias, seu mestre do seminário, o hospeda na casa da S. Joaneira, com quem mantém uma relação de anos. Lá mora a filha dela, Amélia, devota e noiva do escrevente João Eduardo.
Amaro se apaixona por Amélia. Depois de um atrevimento com ela, pede ao cónego uma casa só para si e se muda para a Rua das Sousas, mas continua frequentando a Rua da Misericórdia à noite. João Eduardo escreve na Voz do Distrito um “Comunicado” assinado “Um liberal” contra o clero. Os padres Natário e Silvério descobrem o autor, e Amélia rompe o noivado por carta. João Eduardo agride o pároco diante da Sé, perde o emprego e desaparece de Leiria.
Amaro e Amélia se tornam amantes. A parteira Dionísia aconselha que se encontrem de manhã na casa do sineiro, tio Esguelhas, nos fundos da sacristia, onde vive também a filha dele, a paralítica Totó. Amélia engravida. O cónego propõe casá-la com João Eduardo, mas ele se foi para Lisboa e, segundo o tipógrafo Gustavo, para o Brasil. Os dois padres então arranjam um esconderijo: a irmã do cónego, D. Josefa, convalescente, vai para a quinta da Ricoça, nos Poiais, com Amélia como enfermeira, enquanto o cónego leva a S. Joaneira para os banhos na Vieira.
Na Ricoça Amélia espera o filho, que se chamará Carlos se for rapaz, e Amaro a visita de manhã. Dionísia lhe indica uma ama, mas também lhe fala de uma “tecedeira de anjos”, a Carlota, da Barrosa, a quem se entregam crianças que depois morrem. Amaro vai ver a casa dela por curiosidade. No dia em que Amélia entra em trabalho de parto, depois de ouvir do Libaninho que corre uma denúncia vaga sobre um escândalo com um eclesiástico, ajusta o filho com Carlota e paga um ano adiantado. À noite recebe a criança das mãos de Dionísia na portinha do pomar e a entrega a Carlota com o seu capote, dizendo que a quer viva.
Depois do parto Amélia tem convulsões e morre de madrugada, assistida pelo doutor Gouveia e pelo abade Ferrão, sem ver o filho. No dia seguinte Carlota diz a Amaro que a criança morreu duas horas depois de chegar. Ele diz ao vigário-geral que a irmã está à morte em Lisboa e parte nesse mesmo dia. João Eduardo vai ao enterro de Amélia.
No último capítulo, em maio de 1871, no Chiado, Amaro, agora pároco em Santo Tirso e interessado em Vila Franca, encontra o cónego Dias, que veio a Lisboa por uma demanda. Falam de Leiria, e o conde de Ribamar, protetor de Amaro, comenta as notícias da Comuna de Paris. Os dois padres concordam com ele que a fé é a base da ordem.
