Em 1604, D. Antônio de Mariz, fidalgo português, vive numa casa fortificada à beira do Paquequer com a mulher, D. Lauriana, o filho, D. Diogo, a filha, Cecília, e Isabel, apresentada como sobrinha. Um grupo de aventureiros armados trabalha para ele. Álvaro de Sá, moço que o fidalgo estima, volta do Rio de Janeiro com uma bandeira da qual faz parte o italiano Loredano. Álvaro ama Cecília; Isabel ama Álvaro.
Peri, índio que vive perto da casa e se dedica a Cecília, captura uma onça viva porque a moça disse que queria ver uma. D. Lauriana desconfia dele e quer vê-lo longe. Na mata, Peri vê D. Diogo matar sem querer uma índia aimoré com um tiro destinado a um pássaro. Depois, escondido junto a uma touça de cardos, ouve Loredano combinar com Bento Simões e Rui Soeiro a morte de D. Antônio e de Álvaro; o italiano reserva Cecília para si.
A segunda parte volta a 1603. O carmelita frei Ângelo di Luca ouve a confissão de um moribundo que sabe onde está o roteiro das minas de prata de Robério Dias, fica com o papel, abandona a ordem e vira o aventureiro Loredano. Nesses mesmos dias, Peri, índio goitacá, salva Cecília de uma pedra que rolava sobre ela, e D. Antônio lhe oferece sua amizade.
De volta a 1604, D. Antônio faz seu testamento diante de D. Diogo e Álvaro: confia Cecília a Álvaro e revela que Isabel é sua filha natural. Temendo os aimorés, manda D. Diogo ao Rio pedir socorro. Álvaro aproveita a partida para expulsar Loredano, mas o italiano volta às escondidas e leva parte dos aventureiros à revolta, enquanto os aimorés cercam a casa.
Peri tenta salvar todos sozinho. Envenena a água dos revoltosos com o curare que herdou do pai, deixa-se prender pelos aimorés e toma o veneno para que o corpo dele, servido no banquete da tribo, mate os inimigos. Álvaro o arranca do sacrifício, e Peri vai à floresta buscar um contraveneno. Os aventureiros descobrem que Loredano era um frade que renegou os votos, julgam-no e o condenam à fogueira.
Álvaro, que já percebeu amar Isabel, sai com nove homens numa última sortida contra os aimorés e é atingido na cabeça. Peri o traz para casa como morto. Isabel se tranca com ele num quarto cheio de fumaça de perfumes e morre abraçada ao amado, que ainda desperta por um instante.
Sem saída, D. Antônio decide morrer com a casa. Dá a Cecília uma bebida que a faz dormir, batiza Peri e o encarrega de levá-la para a casa da irmã do fidalgo, no Rio de Janeiro. Peri desce o rochedo com Ceci e foge de canoa; atrás deles, D. Antônio faz explodir o paiol e morre com a mulher, os últimos aventureiros e os aimorés que invadiram a casa.
Cecília acorda na canoa, já no Paraíba, e durante o dia decide não seguir para o Rio de Janeiro: vai ficar com Peri na floresta. Na noite seguinte, um temporal faz o rio transbordar. Refugiados no alto de uma palmeira, Peri conta a Ceci a lenda de Tamandaré, arranca a árvore do chão e a palmeira segue com os dois pela correnteza até sumir no horizonte.
